La Universidad Santander se establece en la República de Panamá mediante el Decreto Ejecutivo N.° 31 de 2001, con la expectativa de aportar al desarrollo del país mediante una propuesta innovadora de educación superior, basada en altos estándares internacionales de calidad.
Su funcionamiento comenzó en cooperación con otra institución. A inicios de 2011 se dio por terminada dicha cooperación y, al año siguiente, la Universidad Santander reanudó sus actividades académicas en su actual sede, ubicada en Ciudad de Panamá. Posteriormente, recibió el Certificado de Acreditación Institucional del Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria de Panamá —CONEAUPA—, expedido el 11 de septiembre de 2014, con una validez de seis años.
Este hecho sentó las bases de una universidad con una oferta académica de calidad, reflejada en todos sus procesos docentes, investigativos, administrativos y de extensión universitaria.